Boje kráľa Ferdinanda I. s kráľom Jánom I.

Po bitke pri Moháči v roku 1526 bol za uhorského kráľa zvolený jednak Ján Zápoľský, jednak Ferdinand I. Habsburský. Hoci väčšiu podporu a väčšinu územia ovládal formálne Zápoľský, nebola jeho pozícia ako uhorského kráľa istá. Mnoho jeho predchádzajúcich prívržencov sa v roku 1527 na sneme v Stoličnom Belehrade priklonila na Ferdinandovu stranu, pričom Zápoľský bol zatlačený do Sedmohradska. Pokúsil sa o protiofenzívu, ale bol v roku 1528 pri Košiciach odrazený.[56] Mesto sa mu podarilo obsadiť až v roku 1536. Keďže nemecké obyvateľstvo predtým podporovalo kráľa Ferdinanda I. Habsburského, nechal Zápoľský richtára a členov mestskej rady vyhnať a namiesto nich povolal zátiských a sedmohradských Maďarov. Chod mestskej správy sa pomaďarčoval, najmä chotárne názvy a mená osôb. Popri nemeckému úradovaniu sa zaviedla maďarčina. Zápoľského okupácia Košíc znamenala dočasnú stratu metropolného postavenia v Hornom Uhorsku v prospech Prešova, ktorý zostal pod správou Habsburgovcov. Ferdinand I. Habsburský dokonca preniesol do Prešova košické právo skladu.[57] Keď Ferdinand I. Habsburský v roku 1552 opäť získal mesto, zaručil privilégiom prisťahovaným košickým Maďarom tie isté práva ako malo starousídlené obyvateľstvo.[58] 13. apríla 1556 zachvátil Košice obrovský požiar. Popolom ľahli kostoly, kláštory, radnica, mestské brány, bašty, drevené časti vnútorného opevnenia, vonkajšie palisády, obranné zariadenia, ako aj celé ulice v južnej a západnej časti mesta. Mestská rada bola nútená poprosiť panovníka Ferdinanda I. Habsburského o oslobodenie od daní a iných poplatkov na osem rokov. Výnosy košického tridsiatku (triceziny) kráľ určil na obnovu Košíc v „predošlej nádhere“.